Durante mucho tiempo se ha pensado que las marismas eran zonas de escaso valor, pero la ciencia ha demostrado que son uno de los ecosistemas más ricos del planeta. Las marismas de Santoña, Victoria y Joyel, localizadas en el sector oriental de la franja costera, constituyen la principal zona húmeda de la cornisa cantábrica.

LAS MARISMAS DE VICTORIA:
Las Marismas de Victoria son la zona húmeda más oriental del municipio y también la más pequeña, con 151 hectáreas de superficie. Este reducido espacio encierra unos valores ecológicos únicos, siendo uno de los puntos más importantes como zona de nidificación de aves acuáticas en nuestra región. Hoy se une al mar por un estrecho canal, pero no hace mucho el volumen de agua que entraba en esta marisma debió ser enorme, como prueban las ruinas del molino de mareas de Victoria.

LAS MARISMAS DE JOYEL:
Las Marismas de Joyel, asentadas sobre un acuífero que es su principal aporte de agua, ocupan el extremo noroccidental de Noja y junto con la playa de Ris y la ría de Cabo Quejo (situada entre Noja y Arnuero) abarca una extensión de 249 hectáreas.

Como en el caso de las marismas de Victoria, tienen escaso intercambio de agua con el mar, lo que hace a través de los diques que la conectan con la ría. Aquí se encuentran las ruinas de otro molino de mareas.